Dnia 16 grudnia 1875 roku wraz z grupą duchownych, ziemian i lekarzy założył Towarzystwo Naukowe w Toruniu – istniejącą do dzisiaj instytucję, której podstawowym celem było kształtowanie świadomości historycznej Polaków i przeciwstawianie się oficjalnej wizji historii prezentowanej przez naukę niemiecką. Ksiądz Kujot jako wieloletni wiceprezes Wydziału Historyczno-Archeologicznego oraz prezes Towarzystwa (1897-1914) zainicjował działalność popularyzatorską, wydawanie periodyków oraz badania dotyczące dziejów Pomorza Gdańskiego. Oprócz pracy w Towarzystwie aktywnie działał w życiu społecznym i edukacyjnym regionu, wspierając stowarzyszenia religijne i świeckie, biblioteki i szkoły. Do najważniejszych pozycji wydawanych z inicjatywy księdza Kujota należały „Fontes” i „Zapiski TNT”, które należały do pierwszych polskich czasopism naukowych w Prusach Zachodnich.

Ksiądz Stanisław Kujot był autorem wielu naukowych tekstów z dziedziny historii, prezentujących dzieje regionu i Kościoła katolickiego. Do jego najważniejszych prac można zaliczyć wydane pośmiertnie Dzieje Prus Królewskich do r. 1309 oraz Kto założył parafie w dzisiejszej diecezji chełmińskiej? Doceniając jego wkład w rozwój nauk historycznych, w 1900 roku Uniwersytet Jagielloński przyznał mu tytuł doktora honoris causa.

Ksiądz Stanisław Kujot zmarł w Grzybnie 5 grudnia 1914 r. i został pochowany na miejscowym cmentarzu.

Bogusław Bogucki