Muzeum Etnograficzne im. Marii Znamierowskiej–Prüfferowej w Toruniu zajmuje się dziedzictwem o charakterze materialnym i niematerialnym z zakresu etnografii, etnologii i antropologii oraz dziedzin pokrewnych, w tym różnorodnymi aspektami kultury ludowej.
Podstawowym zadaniem Muzeum jest gromadzenie, naukowe opracowywanie, przechowywanie, ochrona, konserwacja i udostępnianie dóbr kultury. Muzeum gromadzi także materiały dokumentacyjne dotyczące etnologii oraz nauk pokrewnych. Zasięg działań kolekcjonerskich i badawczych to obszar całej Polski, ze szczególnym uwzględnieniem terenów województwa kujawsko-pomorskiego.
Muzeum jest samorządową instytucją kultury Województwa Kujawsko-Pomorskiego, wpisanym do Państwowego Rejestru Muzeów. Pomysłodawczynią i jego pierwszym wieloletnim dyrektorem była prof. Maria Znamierowska–Prüfferowa, której imię Muzeum nosi od 15 grudnia 1999 roku. Muzeum Etnograficzne w Toruniu jest jednym z trzech samodzielnych muzeów etnograficznych w kraju i współpracuje
z wieloma instytucjami oraz organizacjami zajmującymi się dziedzictwem historycznym i kulturalnym.
Muzeum prowadzi szeroką działalność edukacyjną dla różnych grup wiekowych: dzieci, młodzieży, dorosłych i seniorów. Organizuje spotkania, wykłady warsztaty, koncerty oraz kiermasze sztuki ludowej.