Dwaj wójtowie lipienieccy – Paul von Rusdorf i Ludwig von Erlichhausen – zrobili błyskotliwe kariery polityczne, zostając wielkimi mistrzami zakonu krzyżackiego.

Budowę zamku podjęto najpewniej po najeździe Skomanda w 1277 roku, a do roku 1285 inwestycję na tyle zaawansowano bądź ukończono, że można było osadzić w Lipienku komtura ziemi chełmińskiej.

Założenie zamkowe, zlokalizowane na cyplu jeziornym, składało się z zamku wysokiego i przedzamcza. Zamek wysoki zbudowano na ośmiobocznym, przynajmniej częściowo naturalnym wzgórzu, obudowanym kamienną cembrowiną wzmocnioną skarpami, przechodzącą w mury obronne. Budynek zamku, założony na planie prostokąta o bokach długości około 38 m × 39 m (takie wymiary podaje C. Steinbrecht, dziewiętnastowieczny badacz zamku), miał cztery skrzydła, trzy kondygnacje i piwnice. Piętro pełniło funkcje reprezentacyjne – tu znajdowały się kaplica, kapitularz, refektarz. Przez skrzydło wschodnie przebiegał przejazd prowadzący na wewnętrzny dziedziniec o bokach długości około 18 m × 19 m. W narożniku północno-wschodnim zamku wysokiego mieściła się wieża, a pomiędzy budynkiem zamku i murami obronnymi – międzymurza.

Po stronie wschodniej wzgórza zamkowego znajduje się przedzamcze, które pełniło funkcje gospodarcze, oddzielone od niego fosą o szerokości 18 m. Komunikację pomiędzy nimi zapewniał drewniany most (obecnie w tym miejscu jest grobla). Charakterystyczny element w systemie obronnym zamku to mur w kształcie dwuramiennika, grodzący fosę pomiędzy zamkiem wysokim a przedzamczem po stronie południowej, zbudowany w tym miejscu w celu podniesienia walorów obronnych budowli.

Przedzamcze to trapezowatego kształtu wzgórze, jego maksymalna długość wynosi około 115 m, a maksymalna szerokość około 84 m. Wzgórze przedzamcza, podobnie jak zamkowe, obudowane było kamienną cembrowiną przechodzącą w mury obronne. Obecnie resztki kamiennej cembrowiny znajdują się w narożniku północno-wschodnim przedzamcza. Pomiędzy przedzamczem a znajdującą się po stronie wschodniej wysoczyzną jest fosa szerokości około 18 m. Pierwotnie przedzamcze z wysoczyzną połączone było drewnianym mostem – teraz jest tu grobla.

Po drugim pokoju toruńskim Lipienek znalazł się w granicach królestwa polskiego, zakonnych wójtów zastąpili dzierżawcy – grzecznościowo nazywani starostami. W czasach nowożytnych znaczenie militarne zamku stopniowo malało. W XVI wieku budynek był jeszcze w bardzo dobrym stanie, zamek wysoki pełnił funkcje rezydencji, do czego został przystosowany przez Kostków, a przedzamcze – funkcje gospodarcze. Zamek uległ poważnym zniszczeniom w czasie wojny ze Szwecją w latach 1655–1659 i od tej pory postępowała jego destrukcja. W XIX wieku zamek wysoki już nie istniał i nie wiadomo, kiedy go rozebrano. W latach 80. XX wieku częściowo zniszczona została kurtyna południowa przedzamcza i fosa – zbudowano w tym miejscu strzelnicę.

Zamek jest obecnie ruiną, chronioną prawnie wpisem do rejestru zabytków z dnia 13 października 1934 roku.

Leszek Kotlewski