Przez następne kilka lat podróżował po Europie, zwiedził Paryż, Lwów, Warszawę, Ukrainę. W 1895 r. powrócił do Krakowa, gdzie podjął pracę w Szkole Sztuk Pięknych, zostając w 1899 r. profesorem tej uczelni (przemianowanej w 1900 r. na Akademię Sztuk Pięknych). Funkcję tę pełnił do 1911 r. W 1897 r. był jednym z założycieli Towarzystwa Artystów Polskich "Sztuka", reprezentującego Polskę w międzynarodowym środowisku wystawienniczym. W 1922 r. przekazał  Muzeum Wielkopolskiemu w Poznaniu zbiory sztuki Wschodu, za co ofiarowano mu dworek w Gościeradzu pod Bydgoszczą, w którym artysta przebywał najchętniej pomimo stałego zamieszkiwania w Krakowie (do 1929 r.) i Poznaniu. W 1934 r. zaczął pracować jako profesor grafiki w warszawskiej ASP. Zmarł w Warszawie 27 grudnia 1936 r., lecz został pochowany we Wtelnie pod Bydgoszczą. W roku następnym wdowa po nim podarowała Bydgoszczy szereg prac i przedmiotów związanych ze zmarłym mężem. Do dzisiaj Muzeum Okręgowe w Bydgoszczy posiada najbogatszy zbiór grafik artysty.

Wyczółkowski był jednym z najwybitniejszych twórców Młodej Polski, kilkakrotnie zmieniał style i zainteresowania przechodząc od malarstwa olejnego, przez pastele do grafiki, od historyzmu do impresjonizmu i realizmu. Do jego najbardziej znanych dzieł należą widoki Tatr, teki graficzne dotyczące Krakowa, Lwowa, krajobrazy ukraińskie. Jeszcze za życia był powszechnie uważany za najwybitniejszego artystę malarza okresu dwudziestolecia międzywojennego.

Pamięć o Wyczółkowskim jest kultywowana w regionie przez bydgoskie Muzeum Okręgowe, Dom Wyczółkowskiego na Wyspie Młyńskiej oraz bydgoską Państwową Ogólnokształcącą Szkołę Sztuk Pięknych i Liceum Plastyczne jego imienia.

Bogusław Bogucki