W sierpniu 1940 r. został przydzielony do 501. Dywizjonu Myśliwskiego Royal Air Force na samolocie Hawker Hurricane, w którym wziął udział w bitwie o Anglię. 5 września Niemcy zestrzelili go nad miastem Canterbury, a rany były na tyle poważne, że wrócił do latania dopiero pod koniec października. W 1941 r. Skalskiego przydzielono do 306. Dywizjonu „Toruńskiego”, w ramach którego odbywał loty nad Anglią i Francją. Rok później odszedł do 316. Dywizjonu „Warszawskiego”, a 30 kwietnia 1942 r. mianowano go dowódcą 317. Dywizjonu „Wileńskiego”. W styczniu 1943 r. podjął się misji zorganizowania polskiej jednostki myśliwskiej w Afryce Północnej (Polish Fighting Team), którą wkrótce zaczęto nazywać „cyrkiem Skalskiego”. Stanisław Skalski walczył jeszcze podczas desantu na Sycylię, lądowania w Normandii, a we wrześniu 1944 r. prowadził wykłady z taktyki dla oficerów w USA. Służbę bojową zakończył z bilansem 18 strąconych samolotów, w stopniu majora polskiego 
i angielskiego Wing Commandera. Był najskuteczniejszym polskim myśliwcem II wojny światowej. Podczas wojny otrzymał wiele odznaczeń z Krzyżem Złotym Orderu Wojennego Virtuti Militari i brytyjskim Distinguished Service Order na czele. Po powrocie do ojczyzny przyjęto go do Ludowego Lotnictwa Polskiego, ale 4 czerwca 1948 r. został aresztowany 
i poddany torturom podczas śledztwa. 7 kwietnia 1950 r. skazano go na śmierć na podstawie sfingowanych dowodów. Karę zmieniono na dożywocie, ale po śmierci Stalina i „odwilży” październikowej uwolniono go i zrehabilitowano.

Stanisław Skalski wrócił do wojska w stopniu podpułkownika, ale pracował głównie na posadach biurowych. 10 kwietnia 1972 r. odszedł do rezerwy na własną prośbę, 
a 15 września 1988 r. Rada Państwa nadała mu stopień generała brygady. Skalski był wieloletnim członkiem władz Związku Bojowników o Wolność i Demokrację, a także Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. Po 1989 r. zaangażował się w politykę, był związany 
z „Samoobroną” Andrzeja Leppera, bezskutecznie kandydował podczas wyborów parlamentarnych do sejmu. Zmarł w szpitalu wojskowym w Warszawie w wieku 88 lat.

Bogusław Bogucki